Dominant la petite baie de Plouharnel, devant un paysage marin que limite la presqu’île de Quiberon, voici la Chapelle Notre-Dame des Fleurs. En breton, "Intron Varia er Bleu", ce n'est pas tout à fait ND des Fleurs, mais ND des bourgeons à fleurs, ceux qui donnent du fruit. C'est d'ailleurs au printemps que le Pardon de ND des Fleurs est célébré. C'est la fête de la Vierge au printemps, la fête pour toute la paroisse et même autrefois, pour tout le canton. De partout les marins venaient apporter leurs ex-voto à Notre-Dame, leur protectrice, et l'on partait en procession jusqu'à la fontaine sacrée où avait lieu le traditionnel feu de joie. Cette manifestation est reprise depuis l'an 2000.
La construction de la chapelle remonte à la deuxième moitié du XVIème siècle. Dès 1599 on signale qu'elle servit d'église paroissiale, une épidémie de peste rendant l'église inutilisable. S'il est possible de relever deux dates sur un contrefort près du portail central (1701 et 1731), il est pratiquement certain qu'elles correspondent à une restauration ou à un agrandissement postérieur à sa construction : on peut remarquer que les pierres de la nef sont plus grandes du côté est et que la jointure avec la façade est assez nette, en particulier sur les dalles intérieures. La chapelle a été endommagée à diverses périodes de l'histoire, tout d'abord à la révolution puis au cours de la seconde guerre mondiale lors des combats de la poche de Lorient (1944-1945).
La façade ouest supporte un clocheton élancé encadré de deux tourelles octogonales. Celle de gauche a servi de tour de guet à partir de 1713, une ordonnance royale ayant créé des milices : les habitants âgés de 16 à 60 ans devaient assurer le service de "garde-côtes" pour repérer les bateaux anglais venant piller les villes du littoral. A la révolution, la suppression de cette obligation a été demandée et obtenue. La cloche est la plus ancienne du canton. Elle a été baptisée le 7 mars 1771 et s'appelle Marie-Louise-Armande. Le seuil du portail ouest semble être une stèle armoricaine christianisée. La croix pattée et les gravures qu'on y distingue feraient remonter son origine à plus d'un millénaire. Les meneaux flamboyants de la fenêtre sud du choeur dessinent une fleur de lys marquant sans doute le rattachement de la Bretagne au royaume de France. La chapelle est couverte d'une charpente à entraits sculptés en "gueule de dragon" ; le dragon symbole du Mal est neutralisé par la poutre qui lui entre dans la gueule. Dans le choeur, le vitrail représentant la nature a été exécuté par Jean-Jacques Gruber en 1964.